עמותת בוגרי 9900 הוקמה במטרה לגבש קהילה של בוגרי 9900 ולסייע לבוגריה בתחומים שונים החל מתעסוקה ונטוורקינג וכלה במלגות. העמותה פועלת לקידום בוגריה במשק ובחברה הישראלית ומתכננת להפעיל תכניות שונות לרבות יזמות, קידום סטרטאפים ופרויקטים, חינוך ותרומה לקהילה. כמו כן פועלת העמותה לשמר את מורשת היחידה ולהנציח את נופליה.

בנוסף, חרטה העמותה על דגלה את קידום ושילוב בוגרי תכנית "רואים רחוק" (חיילים על הרצף האוטיסטי) – תכנית אשר החלה והתפתחה ב-9900 ולה בוגרים רבים אשר הוכשרו ושירתו בתפקידים מודיעיניים ביחידה.